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　　测试过程

　　在集群上的NAMD采用charmrun软件进行任务分发，这里采用了VMD图形显示和NAMD计算同时进行的运行方式。即开启VMD进行图形化对算例的分子结构进行显示，之后connect进行计算，实时计算其每个时刻的各种状态。

　　此套测试程序中，namd2为namd的mpi程序，除namd自身的功能外，它还负责进行消息传递和任务分发等，namd_openmpi_gpu为用CUDA改写后的namd程序。测试命令为

　　mpirun ./namd2 namd_openmpi_gpu nanopore.namd 

　　而对于集群上的namd程序，可以采用charmrun命令来进行并行计算，+p32代表用32个核来进行并行计算，测试命令为

　　charmrun +p32 ./namd nanopore.namd

　　为了方便操作，我们仅计算了1000个step下的计算时间作为对比。

　　测试结果

　　由测试结果截图可以看出，浪潮“倚天”所用的时间为65.9s （wallclock）,而4节点集群同样的计算任务所用的时间为120.7s，可见在该算例下，浪潮“倚天”的运算效率大约是4节点集群的两倍。此外，利用VMD启动可视化分子模型时，浪潮“倚天”的VMD建模速度更是明显比集群快。

图1：浪潮“倚天”的测试成绩

图2：集群测试成绩